A principios de noviembre de 1902, el Bridgeport Post anunció a los ciudadanos de Bridgeport que la Iglesia Católica Romana de St. Mary (la Iglesia Madre) en el East Side se había dividido.  El obispo Tierney reveló que la nueva parroquia se conocería como la Iglesia Católica Romana St. Charles Borromeo.  El obispo Tierney asignó al reverendo William H. Lynch como párroco.  Se compró una propiedad en la esquina de East Main Street y Ogden Street.  

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Se dijo misa durante dos domingos (16 y 23 de noviembre de 1902) en el salón de la escuela Barnum, luego en el sótano de la iglesia de San Juan Nepomuceno hasta la Navidad de 1903.  La colocación de la primera piedra del colegio tuvo lugar el 11 de octubre de 1903.  Luego se dijo Misa en el primer piso de la nueva escuela desde el 25 de diciembre de 1903, hasta que estuvo lista la capilla del sótano el 8 de diciembre de 1907.  La escuela abrió el 23 de septiembre de 1905 con las Hermanas de San José de Rochester, Nueva York.  Las hermanas de San José fueron reemplazadas por las Hermanas de la Misericordia en septiembre de 1913.  El padre Lynch murió el 13 de agosto de 1913.

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El obispo Nilan asignó al reverendo Patrick J. McGivney como segundo pastor.  Un convento fue construido y ocupado el 11 de noviembre de 1921.  La superestructura de la iglesia se inició el 15 de marzo de 1924 a un costo de $400,000 y se dedicó el 6 de septiembre de 1925.  monseñor McGivney murió el 7 de mayo de 1928.

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Rev. John J. McGivney, hermano menor de Mons. Patrick McGivney se convirtió en el tercer pastor.  Construyó una rectoría para los sacerdotes que fue ocupada el 13 de agosto de 1929.  Se alquiló una casa como rectoría de 1902 a 1904, luego se compró la antigua rectoría por $ 7,000 y en marzo de 1929 se demolió para dar paso a la nueva rectoría.  El 18 de marzo de 1929 dedica un salón para completar el espléndido conjunto de cinco edificios que ocupan toda una manzana cuadrada.  El 17 de marzo de 1932 fue nombrado Monseñor.  monseñor McGivney murió a los 69 años en marzo de 1939.  El reverendo Francis Morrisey fue el administrador durante unos meses.

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El reverendo Thomas B. Gloster, que había servido bajo el padre Lynch en 1913, se convirtió en el cuarto párroco en julio de 1939.  Bajo su dirección en 1950, se construyó una adición de cuatro salones a la escuela, lo que le dio a la escuela 16 salones.  Después de un incendio el 27 de febrero de 1950, renovó la iglesia inferior y la nombró "Capilla del Rosario" y la volvió a dedicar el 23 de septiembre de 1951.  El 2 de septiembre de 1953, se formó la Diócesis de Bridgeport y el Reverendísimo Lawerence J. Shehan se convirtió en el primer obispo de la nueva Diócesis.  La iglesia de St. Amorose ya se había convertido en descendiente de St. Charles en 1928 y St. Catherine of Siena se convirtió en descendiente en 1955.  El padre Gloster murió a los 70 años el 16 de enero de 1956.

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El reverendo Joseph Ganley se convirtió en el quinto pastor en 1956.  Aunque la salud del Padre Ganley no fue la mejor durante su corta estancia, dedicó todas sus energías a los niños de la escuela ya la gente de la Parroquia.  Murió a los 68 años, el 25 de mayo de 1958.

En mayo de 1958, Monseñor George B. Curtiss se convirtió en el sexto párroco y también fue canciller de la Diócesis de Bridgeport.  Construyó el pórtico solar para las monjas del convento, remodeló la rectoría y construyó un garaje para cinco autos.  Se pusieron campanadas en el campanario.  Se puso mejor iluminación en la iglesia superior.  El Vaticano II se inauguró en octubre de 1962.  El primer Consejo Asesor laico fue elegido durante Mons. Curtis Pastorado.  monseñor fue transferido a la iglesia de St. Thomas en Fairfield en 1967.

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Monseñor James P. Devine se convirtió en el 7º pastor el 3 de agosto de 1967.  Redecoró la iglesia, puso nuevas puertas de entrada a la iglesia, el nuevo órgano se movió al frente de la iglesia y el altar mayor se dio la vuelta como parte de los cambios del Concilio Vaticano II.  En marzo de 1968 sufrió un derrame cerebral.  El reverendo Edward B. Karl se convirtió en administrador.  En mayo de 1970, Monseñor Devine renunció por problemas de salud y se fue a St. Joseph's Manor.

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El reverendo Francis D. McKenna se convirtió en el octavo pastor en julio de 1970.  Durante el breve tiempo que se desempeñó como Párroco (dieciocho meses) incidió en las reparaciones necesarias para el mejoramiento de la parroquia.  En septiembre de 1971, el reverendo Frank Yoia se convirtió en administrador.

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El reverendo John R. Sansonetti se convirtió en el noveno pastor el 4 de febrero de 1972.  Bajo su liderazgo, tanto hombres como mujeres participaron como cantores y lectores.  Se nombró un Coordinador Parroquial de Liturgia y un Director de Educación Religiosa.   Los feligreses ahora llevan los regalos al altar.  El grupo de jóvenes participó en la Misa como lectores, miembros del coro y monaguillos.  Las clases pre-bautismales se han vuelto obligatorias para padres y padrinos.  Se hicieron nuevas Salas para el sacramento de la penitencia.   Se redecoró la iglesia con motivo del 75 Aniversario y se reparó el campanario.  El Festival de San Gennaro se llevó a cabo anualmente para recaudar fondos.  El padre se fue el 6 de febrero de 1984.

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monseñor Joseph Potter se convirtió en el décimo pastor en 1984.  Se inició una misa en español.  El 21 de junio de 1986, la escuela St. Charles cerró debido a la baja inscripción.  La Hermana Ann Moles, SSND se convirtió en Directora de Educación Religiosa.  En 1990, los haitianos comenzaron una misa mensual los sábados por la noche.  En 1992, un grupo de hombres de la Iglesia de Santa Catalina de Siena en Trumbull inició el Centro Comunitario McGivney en el Salón.  Se instaló un ascensor en la parte superior de la Iglesia.  En 1993, la Comunidad Laosiana inició una misa mensual con la ayuda de la Hermana Antoinette.  El 1 de septiembre de 1996, los haitianos iniciaron una misa dominical semanal a las 5:00 p. m.   La Comunidad Brasileña inició una Misa en 1996.  monseñor Potter se retiró en octubre de 1998.  

monseñor Potter Rev. Alfred J. Bietighofer se convirtió en el undécimo pastor en noviembre de 1998.  El Padre vio las necesidades espirituales y temporales de la parroquia hasta que se fue en abril de 1999.  

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El Rev. Gustavo Falla asumió como administrador desde mayo de 1999 hasta enero de 2000.

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El reverendo Joseph J. Saba se convirtió en el duodécimo pastor en febrero de 2000.  El padre ve y comprende las necesidades del idioma que hablan los feligreses.  El padre colocó las nuevas puertas en la parte trasera de la entrada del estacionamiento de la iglesia superior e inferior y la entrada trasera del centro urbano y cubrió las entradas trasera y delantera de la iglesia.  Revisó la cena de Sain Charles Patrick Dayu, que contó con una gran asistencia.  El 2 de noviembre de 2022, a las 16:00 horas se celebra la Misa del 100 aniversario a cargo de Mons. Lawerence J. McMahon párroco de la parroquia de San Marcos en Stratford, nativo de la parroquia asistido por el padre Saba, párroco actual, asistentes en la parroquia y ex sacerdotes de San Carlos.  Más tarde, el Padre comienza dos misas de fin de semana en los cuatro idiomas que se hablan en la parroquia.  En enero de 2008 se forma un Consejo de Finanzas en todas las parroquias por orden del obispo Lori.  El padre se jubila en marzo de 2009.

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El reverendo Edicson Orozco se convirtió en el decimotercer pastor en marzo de 2009.  El Padre amplió el estacionamiento, reparó el campanario y el techo, instaló campanas en el campanario, electrificó las campanas para el Angelous y el inicio de la Misa dominical y devolvió el Tabernáculo al Centro de la Iglesia.  El padre se fue en febrero de 2015.

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El reverendo Francisco Gómez se convirtió en el decimocuarto párroco en febrero de 2015.  También fue secretario del obispo Frank Caggiano.  Decano de doce parroquias de Bridgeport y Vicario de los Sacerdotes ordenado quince o menos años.  Comenzó una peregrinación anual al Santuario de la Divina Misericordia en Stockbridge, Massachusetts.  Comenzó un grupo de jóvenes al que asistían 125 jóvenes semanalmente.  Los llevó a la ciudad de Nueva York para Navidad y espectáculos de Broadway.  También inició los Hijos de María.  Compró vestimentas nuevas, muebles nuevos para la rectoría y movió la sacristía de la iglesia inferior al frente de la iglesia.  Impartió clases semanales en inglés y español sobre el Catecismo de la Iglesia Católica.  El padre se fue en agosto de 2018.

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monseñor Chris Walsh se convirtió en el decimoquinto pastor el 25 de enero de 2019.  Fue Administrador desde el 18 de agosto de 2018.  El Padre ha llevado a cabo una Campaña Capital muy exitosa "Estamos con Cristo" para tres fundaciones diocesanas Educación, Fe y Caridad.  La mitad del dinero recaudado será para que St. Charles reemplace el techo de la parte inferior de la iglesia, repavimente y rediseñe el estacionamiento y renueve la parte inferior de la iglesia.

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La parroquia ha más que duplicado su meta con 430 feligreses comprometidos.

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